Od svih agruma, limun je najbogatiji flavonoidima, koji imaju zaštitno dejstvo od mikroorganizama, štite od alergija i upala i neželjenog dejstva slobodnih radikala. Oni sprečavaju prekomerno zgrušavanje krvi, štite jetru od toksičnih supstanci, a njihovo prisustvo u organizmu smanjuje rizik od tumora.
Doprinose jačanju krvnih sudova, posebno kapilara, koji pomažu u adekvatnoj isporuci kiseonika i hranljivih materija do svih ćelija u telu. Prisustvo flavonoida u citrusima jedan je od razloga njihove česte upotrebe u biljnoj medicini i lečenju raznih tegoba – otoka, proširenih vena, hemoroida, prekomernog zgrušavanja krvi itd.
Takođe pomažu u snižavanju visokog krvnog pritiska. Flavonoidi citrusa deluju umirujuće, a podstiču i lučenje probavnih sokova i varenje. Zbog toga je pre jela preporučljivo jesti grejpfrut ili popiti sok od limuna ili limete.
Limun je citrusno voće najbogatije saponinom, koji voću daje gorak ukus. Ove aktivne supstance vezuju holesterol i tako smanjuju njegovu koncentraciju u krvi. Deluju antimikrobno, a sprečavaju i razvoj kancera, pre svega pluća. Saponini ubijaju ćelije raka i istovremeno ne oštećuju zdrave ćelije. Ćelije raka sadrže više holesterola na svojim membranama nego zdrave ćelije, tako da vezujući holesterol, saponini ometaju napredovanje raka.